Piwnice dawnego komisariatu Policji Państwowej w Rypinie stały się za sprawą decyzji niemieckich władz okupacyjnych siedzibą Selbstschutzu i SS. W efekcie podziemia budynku były tymczasowym więzieniem dla inteligencji polskiej powiatu rypińskiego i miejscem męczęńskiej śmierci setek osób. Jeszcze w czasie okupacji niemieckiej Heinrich Schlieskie, jeden z oprawców Selbstschutzu, z zawodu murarz, przejąwszy restaurację po Szczotkowskich przy ulicy Targowej, przeniósł ją okresowo do budynku kina, a ostatecznie w 1941 roku do wyżej wspomnianej kamienicy przy ul. Warszawskiej 20. Uruchomiona restauracja otrzymała miano „Nür für Deutsche” i działała przez cały okres okupacji. W restauracji pracowały Polki, które po wojnie często powtarzały, iż były wręcz traktowane jak własność Schlieskiego. Po zakończeniu wojny budynek został przejęty przez władze mimo, iż byli wciąż żywi spadkobiercy prawowitych właścicieli obiektu. Lokale w budynku przeznaczono na mieszkania komunalne, przez co w kamienicy zamieszkało kilkanaście rodzin. W połowie lat 60-tych w wyniku wielkiego zainteresowania historią i archeologią, a także zbliżającą się rocznicą pierwszej wzmianki o Rypinie w dokumentach historycznych, postanowiono przygotować także ekspozycję w piwnicach Domu Kaźni. Ówczesny Inspektor Oświaty w Wydziale Oświaty, Wychowania oraz Kultury – pan Edward Koźmiński poprosił Romana Piotrowskiego, historyka, regionalistę o pokazanie miejsca tj. piwnic po dawnym niemieckim więzieniu. Jakież wielkie było zaskoczenie, że piwnice mimo tak makabrycznej historii służą mieszkańcom do przechowywania opału, zapasów czy wręcz hodowaniu drobiu. Natychmiast zapadła decyzja władz miejskich o wybudowaniu na dziedzińcu za budynkiem pomieszczeń i budynków gospodarczych celem wyprowadzenia z piwnic zgromadzonych tam przedmiotów mieszkańców. Podstawowym celem było wygospodarowanie powierzchni pod ekspozycje – martyrologiczną i archeologiczną. Nad oprawą plastyczną pracowała wówczas Pani Piotrowicz z toruńskiej pracowni plastycznej. To jej także zawdzięczamy projekt pomnika znajdującego się vis a vis wejścia na dziedziniec muzealny. Regionalną Izbę Pamięci uruchomiono w dniu 8 maja 1968 roku. Przy pracach aranżacyjnych pomagała między innymi pani Jadwiga Gumińska, Barbara Serwatko. Wielkie zainteresowanie ekspozycjami Izby Pamięci Narodowej spowodowało, iż wobec tworzenia nowego województwa włocławskiego po reformie z 1975 roku rozpoczęto działania związane z utworzeniem muzeum w Rypinie. Ostatecznie w 1976 roku podjęto decyzję o utworzeniu Muzeum Ziemi Dobrzyńskiej w Rypinie jako filii Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej we Włocławku . Dzięki wsparciu rypińskich przedsiębiorstw udało się przeprowadzić gruntowny remont adaptując budynek pod działalność muzealną. Przekazano dodatkowe pomieszczenia, które powiększyły powierzchnie wystawiennicze do 228 metrów kwadratowych. Od jesieni 1979 roku władze miejskie i partyjne starały się znaleźć możliwość wykwaterowania warsztatu szklarskiego Wacława Dzięgielewskiego z piwnic pod Domem Kaźni. Miało to powiększyć dodatkowo powierzchnię wystawienniczą, zwiększając przy tym komfort zwiedzania i bezpieczeństwo zabytków. Zarządzeniem Wojewody Włocławskiego w dniu 1 stycznia 1980 roku powołano rypińską filię Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej we Włocławku. Muzeum Ziemi Dobrzyńskiej uruchomiono 22 lipca 1980 roku. Do tego momentu w budynku znajdowała się siedziba ZSL’u, usunięta wraz z podjętymi pracami adaptacyjnymi. Większość prac remontowych w rypińskim muzeum realizowano w ramach czynu społecznego XXXV-lecia PRL. Ekspozycja Piwnice Domu Kaźni składała się na kilka sal, z czego jedna prezentowała ruch partyzancki, kolejne dwie martyrologię, czwarta okres wyzwolenia , piąta dodatkowo w piwnicach służyła wystawom czasowym, a ostatnim elementem piwnic był historyczny korytarz.
Mimo starań ciągle sporą cześć budynku zajmowały mieszkania komunalne. Muzeum w Rypinie działało jako filia Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej we Włocławku do roku 1991. Wówczas odłączona jednostka weszła w skład Rypińskiego Ośrodka Kultury z dyrektorem Andrzejem Korzeniewskim na czele. Decyzją władz miejskich w 1999 roku zrealizowano powtórny podział na trzy odrębne organizmy: Rypiński Dom Kultury, Muzeum Ziemi Dobrzyńskiej i Miejską Bibliotekę Publiczną.
Działania kolejnych władz o pozyskanie środków na remont były reakcją na pogarszający się stan budynku. W 1988 roku sprawa remontu kapitalnego budynku muzeum była już sprawą niezwykle pilną. Planowano zmodernizować i przeznaczyć na działalność kulturalną większą część obiektu, a do współfinansowania działalności muzeum w Rypinie miał włączyć się Wydział Kultury i Sztuki Urzędu Wojewódzkiego we Włocławku. Zmiany ustrojowe w Polsce nie tylko zniweczyły ówczesne plany, a wręcz zamroziły ewentualną ich realizację na kolejne 14 lat. Decyzją wojewódzkiego Konserwatora Zabytków z dnia 30.12.1995 roku budynek Domu Kaźni został wpisany do rejestru zabytków pod numerem 375/A. Ostatecznie w 2002 roku wykwaterowano mieszkańców. Zasoby muzeum rypińskiego na czas remontu zdeponowano w Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej we Włocławku. Remont trwał z przerwami od 2002 do 2007 roku i pochłonął ponad 1500000 zł. środków unijnych z programu ZPORR, funduszy rządowych i pieniędzy z budżetu miasta. Dzięki tej inicjatywie ostatecznie w budynku przy Warszawskiej 20 znalazły siedzibę Muzeum Ziemi Dobrzyńskiej (uruchomione 14.04.2007r.) i Miejsko-Powiatowa Biblioteka Publiczna (uruchomiona 19.04.2007r.). Piwnice Domu Kaźni jako ekspozycja pozostają wciąż sercem tego muzeum. Ekspozycja mieści się w dwóch dawnych celach i dwóch korytarzach. Zwiększyła się zdecydowanie liczba zdjęć osób pomordowanych. Zaistniały plansze wyliczające alfabetycznie pomordowanych z podziałem na rodzaj represji – tj. ofiary Selbstschutzu, Polacy ofiary niemieckich obozów koncentracyjnych, Żydzi ofiary niemieckich obozów koncentracyjnych i gett, inne ofiary wojny.
